一、县支行人员不足，岗位设置不尽合理，会计主管权限过度集中

　　《中国人民银行电子联行运行管理办法》规定：系统管理员、系统业务员、数据操作员不得参与电子联行帐务处理。但实际情况是县级人民银行会计部门一般只有5-7人，由于人手不足，不能严格按照制度规定进行岗位分工，所以通常的岗位设置是：科技人员兼任系统管理员，或系统管理员兼任录入员复核员，并且由会计科长兼任会计主管，并负责电子联行及中央银行会计核算系统所有岗位口令代码的管理。如此岗位设置和管理给联行资金带来极大的风险隐患，最近金融系统出现的几起盗用联行资金大案，都是由于执行制度不严、岗位分工不合理以及权限过于集中引起的。

　　二、不按制度要求办理查询查复

　　为安全、准确、及时地处理电子联行业务中出现的问题和差错，保证业务处理质量，《电子联行查询查复及差错处理手续》中明确规定了电子联行各种差错和故障类型的处理方法。但在实际操作上，多存在收报行和汇入行不经查询直接退票的做法，造成退票比率增加，甚至出现多次退票现象。

　　三、事后核查职能弱化

　　《中国人民银行电子联行往来制度》中规定：各清算分中心应设专人负责电子联行的事后核查监督工作，事后核查人员应对业务处理的每一笔业务，于下一个营业日进行逐笔核对。由于现在资金汇划时间缩短，汇划资金一天就可以到帐，收报行会计部门在处理当天电子联行来帐时，对“汇入行有误”的来帐，不经查询即退回。当发报行事后核查人员第二天发现错误并进行更正时，此笔业务已被收报行退回，导致企业资金延时入帐，也给双方银行增加了业务量。另外，这种时间差也使得事后核查工作的监督作用打了折扣。

　　四、联络信息包的管理上存在漏洞

　　现行的电子联行系统中，联络信息包分为查询包、查复包和普通包。联络包的录入、复核、发送可由系统业务员一人完成，所以查询查复包的复核职能形同虚设，不能保证录入数据的准确性，极易使企业资金延时入帐。同时，由于以联络包形式发出的更正通知可以更正除金额以外的任何差错，汇入行或收报行对于凭证上的错误项目均要按查询书的内容更正。所以由一人发联络包，在缺乏制约的情况下，如果人为发出虚假的更正书或退汇通知，其后果可想而知。可见电子联行系统中联络信息包的收、发以及管理上存在着很大的风险隐患。

　　五、月度对帐方式明显滞后于电子联行业务的发展

　　电子联行采取主站每月向各小站邮寄对帐表的方式进行对帐，从主站发出的对帐表至收到回执时间太长，制约了对帐的及时性.主站无法对各小站及县支行对帐的真实性进行监督，导致个别小站电子联行清算资金长期核对不符。