2、部门预算执行出现法律空档。我国一直实行历年制预算年度（每年1月1日至同年12月31日），而中央和地方预算草案要待3月份以后举行的各级人代会审批（全国人代会一般在3月份召开，近几年来地方人代会召开时间有前移至1-2月份召开的趋势），致使预算年度的起始日先于人代会审批日，造成部门预算获得批准并开始执行的时间远远滞后于预算的编制，这意味着一年中有1/4的时间实际上没有预算，或者说执行的是未经法定程序审批的部门预算，不仅冲击了预算的正常进行,而且使部门预算的严肃性大打折扣。 　　

    3、部门预算的透明度不高，公众参与度较低。目前，公众对预算的了解，恐怕只有报纸登载的财政预算报告，其他所有的政府的或部门预算数据、决策过程对普通公众而言，几乎都属于机密范畴。这与西方一些国家可以通过互联网免费下载、在书店里购买到政府预算一揽子文件形成了鲜明的对比。预算反映着政府的职能与政策的方向，预算收支的多与少、预算来源的变化、预算资源投入的范围，都对公众和企业产生实质的影响。提高部门预算的透明度和参与程度，让公民、企业对自己将要承担的纳税义务与将要获得的公共服务，发表看法，提出建议，不仅有利于预算决策的科学化和民主化，而且也便于预算通过后的有效执行和政策的顺利推进。 　　

    4、没有建立对部门预算编制质量和项目绩效的考核机制。尽管部门预算改革在全国各级广泛推开，但部门预算的编制质量如何，部门决算同年初部门预算的差异程度有多大，鲜有人对此进行详细考究。从这个角度看，部门预算改革还不够深入和彻底，形式上的改革恐怕要多于内容上的改革。同时，部门预算特别是项目支出预算尚没有建立起有效的绩效考评、追踪问效机制，在具体编制过程中，由于项目缺乏可比性，可行性论证也不够充分，难以做到分轻重缓急排列次序。对于财政预算安排项目的实施过程及其完成结果进行绩效考核尽管也是大势所趋，但各级财政部门对此普遍缺乏经验，而事实上也存在较大难度。 　　

    （三）科学的定额标准体系尚未建立。 　　

    1、现行的定额标准仍然具有“基数法”的痕迹。部门预算的重要基础是科学、合理的定额体系。现行的定额不根据单位的工作任务和财力的可能计算出来的，而是在承认部门和单位以前年度支出事实的基础上，根据历年的决算数据倒推出来的。这样的定额，将传统功能预算下的部门间苦乐不均的状况给予延续，承认了以前不公平的部门间支出水平，无法真实反映部门单位的职能大小和权责轻重。 　　

    2、确立科学的定额标准体系往往容易遭遇两难悖论。在实践过程中，科学定额体系的建立非常容易陷入一个两难悖论。一方面为了使定额标准更加接近单位的实际情况，与定额直接相关的部门单位分类分档应该越细越好，从理论上讲，应该一个部门单位一个定额方能最大限度地贴近单位的实际需要。但分类分档越细也就失去了确立定额标准的目的，定额标准涵盖的范围过窄，预算分配的公平性也很难得到体现。另一方面，如果过分强调预算定额的统一，抑制个性突出共性，类档线条粗犷，对部门职能的特殊性考虑不够，又难免造成削足适履，不利于部门工作开展和积极性的发挥。 　　

    3、从部门预算的实践看，关于预算定额的另一个重要问题就是定额的调整问题，即如何调整和调整频率。是根据财力状况按“基数加增长”的方式调整，还是个别部门、个别项目微调，是定额相对稳定还是每年调整，这些问题不解决，都会对部门预算编制产生不利影响。 　　

    （四）以收付实现制为基础的预算会计与部门预算改革不相适应。

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